สำนักงานศึกษาธิการภาค 16 มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
1. ภารกิจด้านการวางแผนและยุทธศาสตร์
1.1 กำหนดและจัดทำยุทธศาสตร์ : วางแผนและกำหนดยุทธศาสตร์การพัฒนาการศึกษาในระดับภาค กลุ่มจังหวัด และจังหวัด
โดยเชื่อมโยงกับนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการและยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัด รวมถึงศักยภาพของแต่ละพื้นที่
1.2 จัดทำแผนปฏิบัติราชการ : จัดทำแผนปฏิบัติราชการและรายงานผลการดำเนินงาน เพื่อขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์
ให้เกิดผลอย่างเป็นรูปธรรม
2. ภารกิจด้านการกำกับ ติดตาม และประเมินผล
2.1 กำกับดูแลและติดตาม : กำกับดูแล ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงานของสำนักงานศึกษาธิการจังหวัดในพื้นที่รับผิดชอบ
2.2 สนับสนุนการตรวจราชการ : สนับสนุนการตรวจราชการของผู้ตรวจราชการกระทรวง และติดตามประเมินผลการดำเนินงาน
ตามนโยบายและยุทธศาสตร์ของกระทรวงศึกษาธิการ
2.3 วิจัยและพัฒนาระบบ : ดำเนินการวิจัยเพื่อพัฒนาระบบการตรวจราชการให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
3. ภารกิจด้านการประสานงานและการสนับสนุน
3.1 ประสานงาน : ประสานการบริหารงานระหว่างราชการส่วนกลางและส่วนภูมิภาค เพื่อให้เกิดการพัฒนาการศึกษาแบบ
บูรณาการในระดับพื้นที่ โดยยึดหลักการมีส่วนร่วมของประชาชน
3.2 สนับสนุนวิชาการ : สนับสนุนการพัฒนาจังหวัดในด้านวิชาการ การวิจัย และการพัฒนาต่างๆ
4. ภารกิจด้านการบริหารงานบุคคล
4.1 พัฒนาบุคลากร : ส่งเสริม สนับสนุน เสนอแนะ และวิจัยเพื่อพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา
4.2 สร้างขวัญและกำลังใจ : สร้างขวัญกำลังใจและเชิดชูเกียรติแก่บุคลากรในสำนักงานศึกษาธิการภาคและจังหวัด
5. ภารกิจด้านการพัฒนาการศึกษาเฉพาะกลุ่ม
5.1 ส่งเสริมการศึกษา: ส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาสำหรับกลุ่มคนพิการ ผู้ด้อยโอกาส และผู้มีความสามารถพิเศษ
5.2 ส่งเสริมกิจการนักเรียน: ส่งเสริมกิจการลูกเสือ ยุวกาชาด และกิจการนักเรียนในระดับภาค
5.3 สนับสนุนภาวะวิกฤต: จัดระบบการประสานงานและสนับสนุนในกรณีที่เกิดภัยพิบัติหรือภาวะวิกฤตทางการศึกษา
6. ปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่น
ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย