สำนักงานศึกษาธิการภาค 16 มีหน้าที่และอำนาจ ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 19/2560 เรื่อง การปฏิรูปการศึกษาในภูมิภาคของกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 3 เมษายน 2560 ดังนี้

1. ภารกิจด้านการวางแผนและยุทธศาสตร์
        1.1 กำหนดและจัดทำยุทธศาสตร์ : วางแผนและกำหนดยุทธศาสตร์การพัฒนาการศึกษาในระดับภาค กลุ่มจังหวัด และจังหวัด
        โดยเชื่อมโยงกับนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการและยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัด รวมถึงศักยภาพของแต่ละพื้นที่
        1.2 จัดทำแผนปฏิบัติราชการ : จัดทำแผนปฏิบัติราชการและรายงานผลการดำเนินงาน เพื่อขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์
        ให้เกิดผลอย่างเป็นรูปธรรม

2. ภารกิจด้านการกำกับ ติดตาม และประเมินผล
         2.1 กำกับดูแลและติดตาม : กำกับดูแล ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงานของสำนักงานศึกษาธิการจังหวัดในพื้นที่รับผิดชอบ
         2.2 สนับสนุนการตรวจราชการ : สนับสนุนการตรวจราชการของผู้ตรวจราชการกระทรวง และติดตามประเมินผลการดำเนินงาน
         ตามนโยบายและยุทธศาสตร์ของกระทรวงศึกษาธิการ
         2.3 วิจัยและพัฒนาระบบ : ดำเนินการวิจัยเพื่อพัฒนาระบบการตรวจราชการให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น

3. ภารกิจด้านการประสานงานและการสนับสนุน
         3.1 ประสานงาน : ประสานการบริหารงานระหว่างราชการส่วนกลางและส่วนภูมิภาค เพื่อให้เกิดการพัฒนาการศึกษาแบบ
         บูรณาการในระดับพื้นที่ โดยยึดหลักการมีส่วนร่วมของประชาชน
         3.2 สนับสนุนวิชาการ : สนับสนุนการพัฒนาจังหวัดในด้านวิชาการ การวิจัย และการพัฒนาต่างๆ

4. ภารกิจด้านการบริหารงานบุคคล
         4.1 พัฒนาบุคลากร : ส่งเสริม สนับสนุน เสนอแนะ และวิจัยเพื่อพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา
         4.2 สร้างขวัญและกำลังใจ : สร้างขวัญกำลังใจและเชิดชูเกียรติแก่บุคลากรในสำนักงานศึกษาธิการภาคและจังหวัด

5. ภารกิจด้านการพัฒนาการศึกษาเฉพาะกลุ่ม
         5.1 ส่งเสริมการศึกษา: ส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาสำหรับกลุ่มคนพิการ ผู้ด้อยโอกาส และผู้มีความสามารถพิเศษ
         5.2 ส่งเสริมกิจการนักเรียน: ส่งเสริมกิจการลูกเสือ ยุวกาชาด และกิจการนักเรียนในระดับภาค
         5.3 สนับสนุนภาวะวิกฤต: จัดระบบการประสานงานและสนับสนุนในกรณีที่เกิดภัยพิบัติหรือภาวะวิกฤตทางการศึกษา

6. ปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่น
         ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย

          นอกจากมีหน้าที่และอำนาจ ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 19/2560 ลงวันที่ 3 เมษายน 2560 แล้ว สำนักงานศึกษาธิการภาค 16 ยังมีหน้าที่และอำนาจ ตามตามประกาศสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในสำนักงานศึกษาธิการภาค ลงวันที่ 28 เมษายน 2566 ดังนี้้